مرکز آموزشی درمانی آیت الله کاشانی در سال ۱۳۳۲ خورشیدی در زمینی به مساحت ۲۵ هزار مترمربع با زیربنای ۱۵ هزار مترمربع و با هدف ایجاد یک مرکز آموزشی درمانی تاسیس گردید.
در سال۱۳۴۰ خورشیدی بخش رادیولوژی و در سال ۱۳۵۲ خورشیدی نیز بخش اسکن تیروئید و در سال ۱۳۶۸ خورشیدی بخش سی تی اسکن به بیمارستان آیت الله کاشانی اصفهان اضافه گردید.
در سال ۱۳۷۰ خورشیدی ساختمان جدیدی با زیربنای ۸ هزار مترمربع در ۵ طبقه دارای بخشهای مختلف احداث و مکمل ساختمان قدیمی شد که شامل اتاقهـای عمل اعصـاب، ICU جراحی اعصـاب و بخش VIP، پاویونها وکتابخانه می باشد. همچنین در سال ۱۳۷۱ خورشیدی بخش فیزیوتراپی بیمارستان آیت الله کاشانی نیز مورد بهره برداری قرار گرفت.
در سال ۱۳۸۳ خورشیدی در راستـای سیاستهای دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان اصفهان بخش نورولوژی به مجموعه بخشهای بستری بیمارستان افزوده شد و در سال ۱۳۸۶ خورشیدی با راه اندازی بخش صرع، این مرکز به عنوان اولین مرکز ارائه دهنده خدمات مانیتورینگ و جراحی صرع شناخته شد و در سال ۱۳۸۷ خورشیدی عملیات ساخت اورژانس ترومای مرکز به عنوان بزرگترین اورژانس ترومای استان آغاز گشت و تا کنون ادامه دارد.
