بیمارستان امام جعفر صادق(ع) در تاریخ ۲۲بهمن ماه ۷۹ افتتاح گردیده، سرپرستی این بیمارستان را (از تاریخ فروردین ۸۰ الی فرودین ۸۳) آقای دکتر هادی آزادپور، (از تاریخ اردیبهشت ۸۳ الی اسفند ۸۴) آقای دکتر کمال فلاحی، (ازتاریخ فروردین ۸۵ تا۸۷) آقای دکتر مهران امامی ،(از سال اسفند ۸۸ تا دی ۹۰) آقای دکتر کمال فخر پور بعهده داشته اند. و از سال ۹۰ تاکنون جناب آقای دکتر سید محمد صادق کشفی نژاد رئیس شبکه بهداشت ودرمان پاسارگاد را بعهده دارد. – در همان ابتداد بیمارستان با داشتن بخش اتفاقات در حالی که تنها ۴ تخت بستری داشت در بهمن ماه ۱۳۷۹ افتتاح شد. – بعد از گذشت مدتی در اوایل سال ۱۳۸۰ بخشهای زایشگاه، آزمایشگاه و سلف سرویس راه اندازی و در تاریخ ۱/۷/۱۳۸۰ نیز بخش داخلی افتتاح و ۱۰ تخت بستری در آن مستقر شد. – در شهریور ماه سال ۸۱ مصادف با هفته دولت بخشهای سونوگرافی، رادیولوژی، اتاق عمل و جراحی راه اندازی و اولین عمل جراحی در تاریخ ۲۰/۹/۸۱ که عمل APR بود توسط خانم دکر روانی پور انجام شد. – در شهریور ماه سال ۸۲ باز هم مصادف با هفته دولت بخش کولیز و سپس بخش اطفال راه اندازی شد. – در خرداد ماه ۸۳ همزمان با آزاد سازی خرمشهر بخش فیزیوتراپی در دی ماه همین سال (۸۳) بخش دندانپزشکی به بخشهای بیمارستان اضافه شد. – در سال ۸۴ مصادف با دهه فجر بخش اعصاب و روان نیز افتتاح شد و با افتتاح شبکه بهداشت و درمان پاسارگاد در سال ۸۵، بیمارستان امام جعفر صادق(ع) نیز زیر نظر این شبکه قرار گرفته و تاکنون فعالیت خود را ادامه می دهد.