پس از جنگ تحمیلی بیمارستان بقیه الله الاعظم (عج)، مأموریت خود را با جهت دهی خدمات رسانی به خانواده نیروهای مسلح، به ویژه کارکنان رسمی سپاه و خانواده های ایشان دنبال نمود. به تدریج با توجه به کیفیت خدمات ارائه شده در این بیمارستان، طرح توسعه آن در وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح به تصویب رسید و دویال شرقی و غربی آن نیز تکمیل و به بیمارستان اضافه شد. در حال حاضر بیمارستان بقیه الله الاعظم (عج) با 650 تخت فعال و بخشهای تخصصی و فوق تخصصی متعهد به خدمت به خانواده عظیم نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران می باشد. مکان این بیمارستان واقع در تهران خیابان ملاصدرا تقاطع خیابان شیخ‌بهایی جنوبی می‌باشد که وسعت تقریبی زمین آن 25 هزار مترمربع بوده و متوسط بیماران مراجعه کننده به این بیمارستان حدود 5000 نفر در روز می‌باشد.
این بیمارستان با بخشهای گوناگون پزشکی، درمانی، اتاقهای عمل، رادیولوژی، سی تی اسکن، آزمایشگاه، آنژیوگرافی قلب، اتاقهای زایمان، سنگ شکن، اورژانس، تست ورزش، دیالیز و غیره و همچنین واحدهای امور اداری، حسابداری، کارگزینی، آرشیو، انبار کل، درمانگاه، داروخانه، انتظامات، پارکینگ، بانک، مسجد، مهد کودک و دیگر قسمتهای خدماتی، موظف به ارائه خدمات درمانی به پرسنل کادر و خانواده آنها و پرسنل وظیفه در سطح نیروهای مسلح و با اولویت پرسنل رسمی سپاه می باشد.
