این مرکز در دهه ۱۳۳۰ بعنوان مرکز مسلولین، خارج از شهر تهران ساخته و به بهره برداری رسید. پس از تغییراولویت های بهداشتی جامعه این مرکز بعنوان بیمارستان عمومی به فعالیت خود در حیطه آموزشی و درمانی ادامه داد. بیمارستان بوعلی با ۴۲۰ تخت مصوب و ۲۰۰ تخت فعال در سال۱۳۸۳ از دانشگاه شهید بهشتی با دو هدف ارتقای کیفی آموزشی-پژوهشی در حوزه پزشکی و گسترش کمی و بهبود کیفی ارایه خدمات بهداشتی - درمانی توسط دانشگاه آزاد اسلامی واحد پزشکی تهران خریداری گردید. روند تجهیز بیمارستان با خرید پیشرفته ترین دستگاه های پزشکی و جراحی در فرایندی منطبق با آخرین پیشرفت های علم پزشکی تا کنون ادامه داشته و با جذب پزشکان هیات علمی دانشگاه در رشته های مختلف تخصصی و فوق تخصصی به عنوان یکی از مجهزترین مراکز آموزشی درمانی پایتخت شناخته شده است.
